基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析

作者：王小萍; 刘飞; 李明红; 张厅; 赖谦; 刘晓; 熊元元; 唐晓波; 李春华^*; 王云

来源：西南农业学报, 2023, 36(06): 1141-1149.

DOI：10.16213/j.cnki.scjas.2023.6.003

• GBS测序
• 古蔺
• 野生茶树
• 遗传多样性
• 遗传结构

【目的】研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构，揭示其遗传分化特征。【方法】利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序，基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析。【结果】65份野生茶树测序共获得74.48 G数据，540 633 846条高质量reads,通过比对获得769 893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个，多态性位点比例(PPL)为57.33%,观测等位基因数(Na)为0.4267～0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514～0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632～0.1328和0.0404～0.1233,多态性信息含量(PIC)介于0.0312～0.1025,香农指数(Shi)为0.0576～0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042～0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群，而PCA分析则可划分为4个亚群。【结论】65份野生茶树遗传多样性指数较低，亲缘关系较近，存在频繁的基因交流。本研究可为后续表型性状关联分析和品种选育提供依据。

• 单位
  四川省农业科学院茶叶研究所