近年越来越多的研究表明肠道菌群与中枢神经系统之间也有着千丝万缕的联系,情绪状态的变化或应激能够改变肠道菌群的构成,而肠道菌群则能影响神经系统的发育,改变动物的行为,甚至有可能引发或者加重神经系统疾病。其机制可能与肠道菌群影响肠道通透性、细菌代谢产物的作用、影响血脑屏障通透性、调控神经递质、通过免疫系统介导以及迷走神经的调节等有关。