基于SLAF-seq对云南常见茄子种质资源遗传多样性分析

作者：李静; 李信云; 苗宇; 何第南; 赵凯^*

来源：北方园艺, 2023, (15): 24-32.

• 云南省
• 茄子资源
• 简化基因组测序
• 遗传多样性
• SNP标记

以从云南各州市收集的35份茄子种质资源为试材，运用简化基因组测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)对其进行遗传多样性分析，研究云南常见茄子种质资源的遗传多样性及开发特异性SNP标记，以期为云南茄子资源种质创新、杂交育种及砧木筛选提供参考依据。结果表明：从35份茄子种质资源中共获得147.42 Mb读长数据，不同资源的reads数目范围在1 474 699～8 628 640。测序获得的GC含量在38.29%～46.40%,平均GC含量为39.72%,对照为41.96%。测序质量值Q30在88.11%～93.56%,平均Q30值为91.00%,对照Q30为88.11%。根据测序结果共获得SLAF标签159 847个，其中多态性标签共84 119个，共筛选出3 006 351个高效性SNP标记。运用获得的SNP标记对35份茄子资源进行遗传多样性分析、聚类分析及群体PCA分析，结果表明35份茄子种质资源可分为5组。

• 单位
  云南农业大学