选取了ATP、ADP、GDP和NAD这四种小分子配体作为研究对象，对蛋白质序列上的二面角和拉普拉斯能量特征进行了统计分析，还对氨基酸、拉普拉斯能量和亲疏水特性进行结合残基倾向性分析，发现这些特征在正负集之间存在着较大差异，因此将其作为新的特征参数，使用随机森林和支持向量机算法对四类小分子配体结合位点进行预测，预测性能得到了提升，5交叉检验和独立检验下随机森林预测结果好于支持向量机算法。
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