长沙市柯萨奇病毒A2型和A5型全基因组序列特征分析

作者：**忠; 黄政; 欧新华; 姚栋; 肖姗; 李灵之; 叶文^*

来源：中国热带医学, 2022, 22(11): 1073-1091.

DOI：10.13604/j.cnki.46-1064/r.2022.11.14

• 柯萨奇病毒A2型
• 柯萨奇病毒A5型
• 全基因组序列
• 基因重组
• 长沙

目的 了解长沙市柯萨奇病毒A2型（coxsackievirus A2, CV-A2）和A5型（coxsackievirus A5, CV-A5）的序列分子特征及进化趋势。方法 采用二代测序技术获得CV-A2和CV-A5的全基因组序列，进行同源性和进化树分析，使用SimPlot查看毒株序列重组区域。结果 获得长沙市2019年手足口病常规监测病例中CV-A2和CV-A5毒株全基因组序列。CV-A2毒株命名为S281/Changsha/CHN/2019，基因组全长7 422 bp。CV-A5毒株命名为S272/Changsha/CHN/2019，基因组全长7 425 bp。CV-A2全基因组序列与国内CV-A2毒株进行同源性分析发现，非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。CV-A2毒株与原型株Fleetwood(NC038306)相比同源性为79.20%，与湖北省CV-A2毒株（MN419014）同源性最高为95.60%，但非结构蛋白3C和3D区同源性最低，分别为90.51%和92.06%。进化树分析发现3C和3D区位于CV-A4分支。非结构蛋白区新增多个氨基酸突变位点，结构蛋白区氨基酸序列保守。基因重组分析发现CV-A2毒株在3C和3D区存在重组现象。对CV-A5全基因组序列分析发现，与国内CV-A5毒株相比，非结构蛋白区比结构蛋白区同源性低。全基因组序列与CV-A5原型株Swartz(AY421763)相比同源性为80.7%，与澳大利亚毒株（MH111030）相比同源性最高为97.43%，进化树分析发现与MH111030位于同一分支，证明CV-A5为输入型毒株。CV-A5毒株结构蛋白区氨基酸序列保守。结论 长沙市CV-A2毒株为重组毒株，CV-A5毒株为国外输入型。本研究可帮助了解长沙地区CV-A2和CV-A5的全基因组特征，为了解柯萨奇病毒的进化趋势及遗传特征提供理论数据，以便及时有效地阻断疾病传播。

• 单位
  长沙市疾病预防控制中心