基于转录组序列的胡萝卜EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

作者：陈春艳; 马杰; 屈雯; 马俊; 王磊; 杨佼; 刘针杉; 马维; 周禹^*; 孙勃^*

来源：分子植物育种, 2023, 21(01): 205-214.

DOI：10.13271/j.mpb.021.000205

• 胡萝卜(Daucus carota)
• 分子标记
• EST-SSR
• 转录组
• 遗传多样性

胡萝卜(Daucus carota var. sativa)是一类重要的全球性蔬菜作物。为了全面了解其转录组SSR位点特点，并开发胡萝卜EST-SSR分子标记，本试验对胡萝卜的根、茎、叶混合组织进行转录组测序分析，共获得42 668条Unigene，其中6 611条Unigene序列中含有8 241个SSR位点，SSR发生频率为15.49%，平均分布为0.665 0 kb。主要优势重复序列为二核苷酸，占总SSR的45.35%。以48份胡萝卜为材料，从60对SSR引物中筛选出21对条带清晰稳定、多态性高的引物，其中有11对引物多态信息含量(PIC)大于0.500 0，属于高多态性引物，这些引物占开发引物的52.38%，表明筛选出的21对SSR引物具有较好的遗传多样性。聚类分析可将48份胡萝卜材料在相似系数为0.687 2处分为四类，聚类结果与胡萝卜颜色和产地存在一定的相关性。试验结果为胡萝卜的种质资源鉴定、品种鉴别和分子标记辅助育种等研究提供理论依据。

• 单位
  四川农业大学; 毕节市农业科学研究所