CD133+与CD133-人原代胃癌细胞的差异表达基因及核心基因的筛选

作者：贾岑岑; 程薇; 李雷蕾; 曾晓燕; 廖永慧; 谢渊; 周建奖; 赵艳^*

来源：贵州医科大学学报, 2022, 47(02): 125-162.

DOI：10.19367/j.cnki.2096-8388.2022.02.001

• 原代胃癌细胞
• CD133
• RNA-seq
• 差异表达基因
• 生物信息学
• 信号通路

目的通过生物信息学方法筛选出CD133+与CD133-人原代胃癌细胞的差异表达基因(DEGs)，寻找可能参与胃癌发生的关键基因。方法根据人CD133+和CD133-人原代胃癌细胞的转录组数据，以|log2FC|≥1,P<0.05为标准筛选DEGs;用Metascape对DEGs进行基因本体论(GO)富集及京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析，利用STRING数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，筛选核心基因;利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库分析核心基因与胃癌患者总生存率的关系。结果在CD133+与CD133-人原代胃癌细胞间筛选出305个DEGs，其中下调的DEGs 227个，上调的DEGs 78个;这些DEGs主要参与钙离子通道调节、DNA复制及DNA的代谢过程;KEGG通路分析提示DEGs主要富集于IL-17信号通路、RNA运输以及MAPK信号通路;PPI筛选出20个关键基因，其中趋化因子8(CXCL8)、TCP1伴侣蛋白亚基2(CCT2)、核糖体产物因子2 (RPF2)、蛋白酶体20S亚基α4 (PSMA4)、胞质伴侣素6A(CCT6A)、蛋白酶体26S亚基(PSMD12)以及凝聚素Ⅰ复合物亚基G(NCAPG)表达与胃癌患者的总生存率负相关，RUNX家族转录因子2表达与胃癌患者的总生存率正相关(P<0.05)。结论获得CD133+与CD133-人原代胃癌细胞的305个DEGs及20个核心基因。

• 单位
  贵州医科大学