通过分析GenBank数据库下载序列的种内与种间变异与遗传距离，构建系统发育树，评价序列的鉴定能力。土贝母、老鸭瓣、浙贝母、湖北贝母与川贝母分别代表了不同时期的贝母药材主流品种；贝母道地产区经历了中国北方向南方的迁移过程；不同贝母药材品种存在药效性味的差异获得历史验证。结合基于ITS1与ITS2的分子系统发育关系分析，证实仅从形态学特征无法准确鉴定川贝母与其易混淆品，但能从DNA水平进行有效鉴定。为川贝母药材的质量控制、资源保护及临床用药提供依据，确保了中医临床疗效。
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