高加索三叶草SSR序列特征分析

作者：刘佳雪; 赵一航; 胡尧; 衣琨; 刘皓玥; 王丽娜; 殷秀杰^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(21): 7154-7159.

DOI：10.13271/j.mpb.019.007154

• 高加索三叶草
• 转录组
• SSR

为获得高加索三叶草转录组特征,对高加索三叶草的根茎系统进行三代转录组测序,检测到79 424条Unigene,序列总长为167 351.88 kb,进一步分析得到48 235个SSR位点,平均3.47 kb出现一个SSR。高加索三叶草转录组的SSR类型丰富,其中单核苷酸和三核苷酸重复SSR数量最多,分别占SSR总数的45.8%和22.6%,其次是复杂SSR序列占比为15.2%、二核苷酸重复占比为12.8%、四核苷酸重复占比为2.1%、六核苷酸重复占比为0.9%和五核苷酸重复占比为0.6%。本研究对高加索三叶草转录组数据SSR位点信息进行分析,为三叶草属种质资源鉴定和分子标记辅助育种提供更多的标记资源。

• 单位
  东北农业大学