前列腺癌差异表达基因的分析及其miRNA和lncRNA的预测

作者：宋咏刚; 余鹏; 胡文慧; 石玉玲; 赵雪; 胡祖权; 王赟; 曾柱^*

来源：贵州医科大学学报, 2020, 45(02): 161-168.

DOI：10.19367/j.cnki.1000-2707.2020.02.007

• 前列腺肿瘤
• 基因表达调控
• miRNA
• 计算生物学
• lncRNA

目的:筛选前列腺癌的差异表达基因及其上下游的调控分子。方法:通过TCGA数据库和GEO数据库,经RSudio软件分析得到差异基因(DEGenes);采用STRING工具构建差异基因的相互作用网络、CYTOSCAPE软件筛选核心模块,并对差异基因进行GO和KEGG分析,运用mirDIP数据库预测核心基因的miRNA,登录STARBASE对miRNA进行生存分析并预测其lncRNA。结果:筛选出前列腺癌的差异表达基因共137个,GO分析结果显示有23个富集结果,KEGG分析有20个通路被富集;对7个核心差异基因进行分析,预测出2个与总体生存率相关的miRNA,这些miRNA有4个对应的lncRNA;最后构建lncRNA-mRNA互作网络。结论:从生物信息学角度对前列腺癌的差异基因进行筛选和分析,筛选出前列腺癌发生过程中的关键基因及其上下游的调控分子。

• 单位
  基础医学院; 贵州医科大学