专利纠纷行政调解协议司法确认制度有效衔接了行政调解程序与司法程序,确保了协议的强制执行力,有利于分流专利纠纷和纠纷实质性解决,缓解审判压力,顺应大保护格局,应在《专利法》确立。在专利法第四次修改中一度被纳入,但《专利法修正案(草案)》却未能延续。从全国唯一试点实践看,其存在部门角色定位困境、法院管辖障碍、审查边界不清等现实难题。须从以下方面完善:合理定位程序性质;审慎界定适用范围,排除权属纠纷的适用;为瑕疵调解协议设置补救机制;确立专业法院、法庭管辖的规则。