基于转录组测序技术的重症手足口病相关基因研究

作者：陈程; 刘映霞; 杨桂林; 邓永; 单灵波; 邹容容; 彭忠田

来源：中华实验和临床感染病杂志(电子版), 2016, 10(01): 26-30.

DOI：10.3877/cma.j.issn.1674-1358.2016.01.006

• 转录组测序
• 重症手足口病
• 预测基因

目的应用转录组测序技术(RNA-seq)分析重症手足口病(SHFMD)患者外周血单个核细胞(PBMC)转录组情况,筛选SHFMD相关基因,探讨其发生的可能免疫机制。方法收集2014年5月至8月深圳市第三人民医院收治的重症和轻症手足口病(MHFMD)患儿各5例,以及5例健康体检儿童的外周血,均分离PBMC,采用转录组测序技术筛选显著的差异表达基因(DEGs),并通过实时荧光定量PCR对DEGs进行验证。结果 SHFMD组相对健康对照组共117个DEGs,其中108个基因上调,9个基因下调;SHFMD组相对MHFMD组共26个DEGs,其中14个基因上调,12个基因下调;两组DEGs中共有8个相同基因,其中TNFRSF13C、IL-7R、THBS1和VEGFA下调,S100A8、S100A12、IL-8和IL-1β上调(P均<0.05)。结论 S100A8、S100A12、IL-8、IL-1β、TNFRSF13C、IL-7R、THBS1和VEGFA是SHFMD相关的差异表达基因,可能在SHFMD的发生中起重要作用,有望成为手足口病重症化的预测基因。

• 单位
  深圳市第三人民医院; 南华大学附属第一医院; 南华大学