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摘要
为了解藏药材植物薄叶鸡蛋参叶绿体基因组密码子使用偏好性，通过使用CodonW、CUSP等软件对薄叶鸡蛋参叶绿体基因组中54条CDS编码序列进行分析研究。结果显示：有效密码子数ENC范围为37.21～58.10，平均值为48.94，GC3含量为22.31%～38.63%，表明密码子使用偏好性较弱。在相对同义密码子(RSCU)分析中显示，RSCU＞1的密码子有30个，其中以A/U结尾的有29个，以C/G结尾的有1个，说明密码子的第3位碱基偏好A/U结尾。中性分析显示GC3与GC12的相关性显著，回归曲线斜率0.24，说明密码子偏好性主要受到选择的影响。PR2-plot绘图分析结果显示，偏好性主要受选择因素影响。ENC-plot绘图分析显示，绝大多数的叶绿体相关基因都落在曲线的下方，表明偏好性更多的受选择因素影响。对应分析结果显示第一轴差异值为9.18%，为主要影响因素。结合高表达优越密码子和高频密码子，通过分析得出13个密码子被鉴定为薄叶鸡蛋参的最优密码子。综上，薄叶鸡蛋参叶绿体基因组密码子的使用偏好性受选择作用为主，其它因素也有一定影响。本研究结果为以后薄叶鸡蛋参叶绿体的研究和应用.提供理论基础。
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单位西藏自治区高原生物研究所; 西藏藏医药大学
