基于高通量测序的肝癌circRNA-miRNA-mRNA调控网络构建及功能富集分析

作者：赵静; 杨兴武; 李京涛; 王旗; 王亮; 王国泰^*

来源：临床肝胆病杂志, 2019, 35(08): 1740-1744.

• 肝肿瘤
• RNA,未翻译
• 高通量核苷酸序列分析

目的本研究基于肝癌相关非编码RNA高通量测序数据,构建互作网络及功能富集分析,筛选可能通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制参与肝癌发生发展的环状RNA(circRNA)。方法利用GEO数据库中的肝癌非编码RNA高通量测序数据,依据ceRNA理论构建circRNA-miRNA-mRNA网络。随后,进行了基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,用于具有ceRNA潜在功能的circRNA的探索及功能注释。结果从GEO数据库中最终筛选了9个共表达circRNAs、20个共表达miRNAs以及153个共表达mRNAs,成功构建肝癌相关circRNA-miRNA-mRNA网络。GO分析结果揭示了90个生物过程,其主要涉及12个功能簇,主要包括肝细胞分化、细胞周期相变调节、转录因子活性负调控等功能,KEGG分析表明这些共表达circRNAs还参与p53、PI3K-Akt信号通路。结论本研究为circRNA通过ceRNA机制介导肝癌发生发展提供了新的见解。

• 单位
  陕西中医药大学; 陕西中医药大学附属医院