玉米杂交种表型全基因组预测分析

作者：马娟; 曹言勇; 王延召

来源：玉米科学, 2023, 31(05): 34-41.

DOI：10.13597/j.cnki.maize.science.20230505

• 玉米
• 基因组选择
• 加性模型
• 加-显性模型
• 杂交种预测

全基因组选择(Genomic Selection,GS)能够利用影响性状的所有变异位点估计育种值并进行有效选择，可以加快优良杂交种的选育进程。利用123份自选系和8个测验种以NCII遗传交配设计组配的537个F1杂交种为材料，结合玉米5.5 K液相育种芯片鉴定的11 734个高质量SNP标记，利用5种GS方法的加性模型和加-显模型对新乡、周口环境穗长、穗粗和穗行数以及最佳线性无偏估计(Best Linear Unbiased Estimate,BLUE)值开展预测研究。结果表明，穗行数的预测准确性最高，为0.76～0.84；穗粗次之，为0.54～0.65；穗长的预测精度最低，为0.33～0.54,3个性状均利用BLUE值估计的准确性最高。在周口环境，相比加性模型，基因组最佳线性无偏预测和3种贝叶斯方法加-显模型对穗长预测准确性的提高率为9.09%，穗粗3种贝叶斯方法加-显模型的提高率为1.85%。绝大多数情况下，加性模型和加-显模型的预测准确性相等，说明整合显性效应并不能提高杂交种穗长、穗粗和穗行数基因组预测精度。综合考虑预测准确性方差分析、多重比较和聚类分析，再生核希尔伯特空间是最佳的杂交种预测方法。

• 单位
  河南省农业科学院