棉花NLP(NIN-Like Protein)基因家族的全基因组鉴定及表达分析

作者：丁国华; 肖光辉^*; 竺丽萍^*

来源：中国农业科学, 2023, 56(19): 3723-3747.

• 棉花
• NLP转录因子
• 氮信号
• 生物信息学

【目的】全基因组范围内探究棉花NLP转录因子的结构特点及进化特征，深入了解棉花NLP转录因子表达模式，为后续NLP的功能研究和利用奠定基础。【方法】采用BLASTP和HMMsearch 2种策略进行搜索，鉴定亚洲棉、雷蒙德氏棉、海岛棉、陆地棉4种棉花全基因组范围内的NLP转录因子家族成员。对确认后的棉花NLP家族成员进一步展开生物信息学分析，利用在线软件Expasy对分子量、理论等电点等理化性质进行预测；使用MEGA 7软件构建系统进化树；通过网站MEME进行蛋白保守基序分析；运用在线软件GSDS 2.0分析基因结构；TBtools进行染色体定位绘制；McscanX进行棉花NLP家族复制基因分析；利用PlantCARE网站预测棉花NLP基因家族启动子元件；通过TBtools绘制不同组织及非生物胁迫下棉花NLP基因表达热图，分析组织表达特性和响应非生物胁迫的特征。通过RT-qPCR分析缺氮和复氮处理后棉花NLP基因的表达情况。【结果】从亚洲棉、雷蒙德氏棉、海岛棉、陆地棉蛋白数据库中分别筛选出11、11、21和22个NLP转录因子成员，家族蛋白序列长度为693—996个氨基酸，相对分子质量为76.92—110.02 kDa，理论等电点为5.13—7.77，亚细胞定位几乎均定位于细胞核中，NLP基因启动子区发现大量激素响应和逆境响应顺式作用元件。系统进化分析将棉花NLP蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组，基因复制分析发现片段复制是NLP基因在棉花中扩张的主要方式。Ka/Ks均小于1显示棉花中NLP基因进化主要经历纯化选择。表达分析结果也证实棉花GHNLPs响应氮饥饿和复氮过程。【结论】从亚洲棉、雷蒙德氏棉、海岛棉、陆地棉中分别鉴定获得11、11、21和22个NLP转录因子成员，它们之间具有较高的保守性，又有一定程度的差异。陆地棉GHNLPs在缺氮及复氮处理过程中表达量发生显著变化，可能在棉花响应硝酸盐过程中具有一定作用。

• 单位
  生命科学学院; 陕西师范大学