基于EST和GSS序列的茶树miRNA及其靶基因数据挖掘

作者：张玥; 熊飞; 胡雲飞; 柯子星; 房婉萍

来源：热带作物学报, 2018, 39(10): 1999-2006.

• microRNA
• 茶树
• EST
• GSS
• 靶基因

microRNA(miRNA)是一类长19～24个碱基的小分子内源性非编码单链RNA,通过介导靶基因的裂解或抑制靶基因的翻译,在植物的发育、新陈代谢、应激响应等方面起着重要的调控作用,在进化上具有高度的保守性。据此本研究以miRBase注册的全部成熟植物miRNA序列为探针,基于NCBI数据库中茶树表达序列标签(EST)和基因组勘测序列(GSS)进行同源搜索和miRNA二级结构分析,总共发现7条茶树的miRNA,分属于6个不同的miRNA家族。通过靶基因的预测分析表明,这些miRNA可能调节28种靶标基因,功能涉及新陈代谢、生长发育、胁迫应答及转录,为茶树miRNA的试验鉴定和功能研究提供更详细精确的范围,为进一步探究茶树miRNA的调控机理奠定基础。

• 单位
  福建农林大学; 南京农业大学