基于SLAF-seq技术的古茶树SNP位点开发

作者：耿广东; 陈立杰; 张素勤^*

来源：经济林研究, 2019, 37(02): 7-12.

DOI：10.14067/j.cnki.1003-8981.2019.02.002

• 古茶树
• SLAF-seq
• SNP位点
• 高通量测序
• 分子标记

为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237 773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1 279 534～8 460 233,测序质量值Q30范围为92.61%～94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%～47.18%。共开发1 656 258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2 690 638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283 376个高一致性的群体SNP标记。

• 单位
  贵州大学