人类基因组计划的实施为分子进化研究提供了新的机遇和挑战。本文综述了分子进化研究的经典课题包括系统发生树的构建、分子适应性和中性学说检验以及进化基因组学。此外,关于生物信息学研究中新兴的分子进化研究包括蛋白质网络的进化、基因调控的进化以及代谢网络的进化等方面进行阐述,并提出了展望。