利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性

作者：房瑞新; 田雪琪; 邹晨; 董依萌; 李洋; 邢秀梅; 刘欣^*

来源：中国畜牧兽医, 2021, 48(07): 2457-2466.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2021.07.021

• 马鹿
• 遗传多样性
• 父系起源
• SRY基因

试验旨在从分子水平上研究中国马鹿的父系起源结构和遗传多样性水平,判断各种群间的系统发育关系和亲缘关系远近。通过DNA提取、PCR扩增和直接测序的方法,对天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿等11个群体共159头马鹿的SRY基因序列进行了检测和分析,计算碱基组成、核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)以评估遗传多样性,构建单倍型网络图;以白唇鹿为外群,用邻接法(NJ)和最大似然法(ML)构建系统进化树,探讨马鹿的聚类及遗传多样性。结果显示,所获序列长度为1 615 bp,在基因中共鉴定出18个SNPs多态性位点,占核苷酸总数的1.11%,根据多态性位点鉴定出14个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率35.84%,为天山马鹿、阿尔泰马鹿、阿拉善马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王种群的共有单倍型。其中,阿拉善马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、川藏马鹿、北美马鹿和高产鹿王均具有独有单倍型。单倍型多样性介于0～0.857,核苷酸多样性介于0～0.00272,各亚种间遗传距离最大的是塔河马鹿与西藏马鹿(0.002406),最小的是阿拉善马鹿与青海马鹿(0.000124)。基于邻接法和最大似然法构建的系统进化树一致,显示11个野生马鹿种群间共存在3个分支,支系S1包含全部马鹿种群,塔河马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王构成支系S2,北美马鹿构成支系S3,单倍型最小网络图与系统进化树一致。表明各马鹿种群之间的遗传多样性存在差异,塔河马鹿、高产鹿王和甘肃马鹿分别存在2个父系类型,北美马鹿存在3个父系类型,其他马鹿种群只存在1个父系类型,Hap-1在单倍型组S1中处于核心位置,其他单倍型分散分布于其周围,推测Hap-1为马鹿种群中较为原始的单倍型。

• 单位
  东北林业大学; 中国农业科学院特产研究所