滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析

作者：岳彩娟; 梁小军^*; 王秀琴; 马青; 马吉锋; 张俊丽; 王晓薇; 额尔和花^*

来源：中国畜牧兽医, 2020, 47(10): 3058-3068.

DOI：10.16431/j.cnki.1671-7236.2020.10.003

• 绵羊
• 背最长肌
• 全基因组
• 甲基化

本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域(DMR)和差异甲基化基因(DMG),为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶(C)甲基化(mC)率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体(GO)和相关信号通路(KEGG)分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。

• 单位
  宁夏农林科学院动物科学研究所