通过共表达分析抑制素βA基因表达与肠正常黏膜到腺瘤再到腺癌进展的关系

作者：孙萌; 郑新宇; 陈志芬^*; 刘小平; 姜毅楠; 张姮; 李炫飞

来源：中华实验外科杂志, 2022, 39(10): 1987-1990.

• 结直肠癌
• 抑制素βA
• 共表达分析
• 加权基因共表达网络分析

目的寻找与肠正常黏膜(NOR)到结直肠腺瘤(CRA)再到结直肠癌(CRC)的进展密切相关的基因。方法利用数据集GSE37364(包括38例NOR, 29例CRA及27例CRC)构建加权基因共表达网络分析(WGCNA), 选择软阈值为10确保基因无尺度网络分布, 构建关系矩阵转换为邻接矩阵, 进一步构建拓扑重叠矩阵鉴定与疾病进展相关的基因模块并寻找其枢纽(Hub)基因。对Hub基因在数据集GSE20916中进行单因素方差分析及组间t检验, 数据集GSE14333中进行t检验, 以确认Hub基因与疾病进展的相关性。结果筛选出1 858个差异表达基因进行分析, 确定一个重要的基因模块(黄色模块)和该模块中的4个Hub基因:抑制素βA(INHBA)、趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体1(CXCL1)、CCAAT增强子结合蛋白(CEBPB), 进一步线性回归分析发现INHBA与疾病进展高度相关(R2=0.793)。基因富集分析表明, 该模块中的INHBA主要参与细胞增殖的调控。在GSE20916数据集中进行分析, INHBA在NOR、CRA、CRC中表达分别为2.732±0.1441、2.81±0.1347、2.946±0.1603, INHBA表达与NOR至CRA再至CRC的进展密切相关(F=16.99, P<0.0001), 在CRA及CRC表达均高于NOR(P<0.05), 在CRC中表达高于CRA中表达(P<0.01)。在数据集GSE14333中, INHBA表达在Dukes分期A、B、C、D期CRC中表达分别为9.658±1.349、10.32±1.105、10.56±1.234、10.26±1.26, Dukes分期B、C、D中INHBA表达均高于Dukes分期A期CRC, 差异有统计学意义(P<0.05), 在B、C、D期中表达差异无统计学意义。结论通过共表达分析发现INHBA可能通过调节细胞增殖与NOR、CRA和CRC的进展有关。

• 单位
  华中科技大学; 同济医学院附属武汉中心医院; 武汉大学中南医院