近年来,随着我国社会经济的高速发展,我国的科技水平也得到了快速的发展,这主要得益于国家对于科研项目经费的投入越来越多。但是,这也给事业单位科研项目经费的管理带了一定的挑战,如何才能够对科研经费预算进行有效的管理?怎样才能使得科研经费获得合理的回报呢?这些都是事业单位值得思考的问题。基于此,本文主要对事业单位科研项目经费管理中存在的问题进行了分析,并针对这些问题提出了相应的措施,以此来提高事业单位科研项目经费预算管理的有效性。