高校预算管理主要面临与战略目标脱节、预算组织体系不科学、预算编制不细、预算执行不力、绩效评价体系不健全等风险。因此,高校应该发挥预算管理对高校战略的支撑作用,实施智能化绩效管理,提升管理效率与效果,增强高校风险抵御能力。通过强化信息管理、素质管理、控制管理和绩效管理,构建适应新形势下高校办学目标需求的预算管理风险防控机制、预警机制、应对机制和绩效考评机制,是当前高校必须面对的现实命题。