椰子保守microRNA预测和特征分析

作者：夏薇; 李静; 周丽霞; 杨耀东; 肖勇; 马子龙

来源：广东农业科学, 2014, 41(14): 130-135.

DOI：10.3969/j.issn.1004-874X.2014.14.029

• 椰子
• 保守miRNA
• 靶基因

根据释放的椰子转录组序列和miRBase数据库中的microRNA(miRNA)序列信息,分析椰子中保守miRNA及其相应靶基因的特征。根据miRBase数据库中植物miRNA序列,共预测了41个miRNA,分别属于22个miRNA家族。这些miRNA家族中13个家族在植物中非常保守,miRBase至少在19个物种中检测到,而miR902、miR2673和miR414这3个家族不保守,仅在1~2个物种中检测到。这些预测的miRNA的成熟序列长度大多为21个碱基(59.5%),而前体序列的长度大多为50~100个碱基(61.9%)。分析miR396家族前体序列时发现,成熟miRNA和成熟miRNA*(成熟miRNA形成发卡结构互补的序列)序列很保守,但是中间的序列变异很大。此外,预测miRNA的靶基因发现保守的miRNA家族的靶基因为一些重要的转录因子家族,与植物的生长发育相关,而不太保守的miRNA家族的靶基因编码与表型控制相关的蛋白。

• 单位
  中国热带农业科学院椰子研究所; 中国热带农业科学院热带生物技术研究所; 海南省热带油料作物生物学重点实验室