核桃JrJAZ基因家族鉴定与转录表达分析

作者：刘凯; 李津津; 王红霞; 李林晴; 赵书岗; 张俊佩; 马庆国; 张志华^*

来源：河北农业大学学报, 2021, 44(01): 41-50.

DOI：10.13320/j.cnki.jauh.2021.0006

• 核桃
• JAZ基因家族
• 生物信息学分析
• 转录表达分析

为了揭示核桃JAZ基因家族在核桃生长发育中的作用,本研究通过构建隐马尔科夫模型与转录组数据结合的方法,在核桃全基因组数据库搜索JAZ家族基因,对该家族进行理化性质、基因结构、保守基序、启动子元件、蛋白互作预测等生物信息学和低温胁迫下的转录表达分析。结果表明,核桃JAZ基因家族包含17个成员,蛋白长度范围为138～385个氨基酸,开放阅读框为417～1 149 bp,等电点为8.47～10,全部为碱性不稳定亲水蛋白;含有典型的TIFY和jas 2个高度保守的结构域,聚类分析发现,该类基因可分为Group A、Group B、GroupC和GroupD4个亚族。在低温胁迫48h后经转录表达分析,JrJAZ1、JrJAZ3、JrJAZ4、JrJAZ5、JrJAZ7、JrJAZ9、JrJAZ15、JrJAZ16为差异表达基因,推测可能响应低温胁迫。本研究结果将为进一步研究该类基因的功能提供了重要线索和依据。

• 单位
  中国林业科学研究院林业研究所; 生命科学学院; 河北农业大学