审计工作被视为工程项目的免疫系统,基于多目标开展工程项目的综合审计,能灵活使用多种审计方法,对影响工程项目效益质量的多个因素实施审计评价,并实施精准控制。文章立足农机科研事业单位实际,在阐述工程项目审计价值的基础上,分析多目标综合审计的内涵及模式,梳理多目标审计模式实施阶段的三个要点,以期进一步提升多目标综合审计的效率和准确性,保证工程建设质量,为农机科研事业单位的资源投入控制和科研产出奠定良好基础。