一年蓬叶绿体基因组特征及系统进化分析

作者：周芸芸; 郭敏; 彭英权; 金晨钟; 张雪娇; 胡一鸿; 陈功; 龚意辉

来源：热带作物学报, 2022, 1-11.

• 一年蓬
• 叶绿体基因组
• 基因组结构特征
• 系统发育分析

一年蓬（Erigeronannuus）作为一种入侵植物，对我国农林业发展、本地物种多样性及生态系统具有严重的影响。本研究以一年蓬为材料，利用IlluminaNovaSeq6000测定一年蓬的DNA序列，采用SPAdesv3.10.1软件组装一年蓬叶绿体基因组，以小蓬草（Erigeroncanadensis，MT806101.1）叶绿体基因组为参考，对一年蓬叶绿体基因组结构、特征、SSR位点、IR边界以及进化树进行分析，结果表明：一年蓬叶绿体基因组全长为153283bp，AT、GC含量分别为62.95%、37.05%。包括大单拷贝区（LSC）84833bp，小单拷贝区（SSC）18412bp，反向重复区（IRa和IRb）25019bp，一年蓬叶绿体基因组共编码到132个基因，包括蛋白编码基因88个，转运RNA基因36个，核糖体RNA基因8个。按照功能分类将它们分成4大类：光合作用相关基因共45个、自我复制相关基因共73个、其他基因共6个、未知功能基因共8个。在一年蓬叶绿体基因组中共查找200个符合条件的SSR位点，分布在LSC、SSC、IR区域的SSR数量分别为126、40、34个，分别占总SSR位点数比重为63%、20%、17%，以单核苷酸重复占绝对优势，主要是A/T碱基，其次是三核苷酸重复单元类型，主要是TTA、TAA和TAT。进化树分析表明，一年蓬与小篷草亲缘关系最近。本研究揭示了一年蓬叶绿体基因组信息，并确定了一年蓬系统发育所属分支，为进一步开展一年蓬种群遗传学、系统发育地理学、适应性机制及防控与利用等研究提供分子理论支撑。

• 单位
  湖南人文科技学院; 邵阳学院