2018—2019年泉州人呼吸道合胞病毒基因型及基因特征分析

作者：宋金华; 陈志旭; 郭晋源; 谢智博; 杜佳; 王慧玲; 崔爱利; 朱贞; 毛乃颖; 许文波; 张燕^*

来源：中华医学杂志, 2021, 101(22).

• 呼吸道合胞病毒, 人
• 基因型
• 基因特征

目的分析泉州2018—2019年人呼吸道合胞病毒(HRSV)流行情况和基因特征。方法样本来自2018年11月至2019年5月福建省泉州市儿童医院送检的下呼吸道感染患儿咽拭子样本, 共141份。采用RT-PCR法进行HRSVG基因3′末端靶基因扩增, 使用sequencher 5.0以及MEGA5.05软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果 HRSV阳性样本25份, 17份样本成功获得靶基因序列, 其中HRSVA 13份, HRSVB 4份;共鉴定出两个基因型:ON1基因型(13份, HRSVA)和BA9基因型(4份, HRSVB)。5条ON1基因型靶基因序列与2012—2015年北京、长春和浙江流行的ON1基因型序列汇聚为一簇(Cluster1);1条(FJ19-02)与2012—2015年我国多个地区流行的ON1基因型序列汇聚为一簇(Cluster2);其余7条为独立的一簇(Cluster-FJ)。HRSVB亚型中FJ18-02、FJ19-14、FJ19-15与2015年在吉林长春流行的BA9基因型序列汇聚在一起;FJ19-13则与2013年在广州和浙江两地流行的BA9基因型序列具有较近的亲缘性。ON1基因型和BA9基因型均在重复插入的72和60个碱基片段区出现了核苷酸和氨基酸变异。Cluster-FJ分支靶基因序列出现了特征性氨基酸突变(H266L);FJ19-13出现了H261Q和Q265L的独立突变。结论 2018—2019年福建泉州流行的HRSV基因型为BA9和ON1, Cluster-FJ为新发现的独立传播链, 有可能在泉州建立了本土循环流行。

• 单位
  中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所; 泉州市儿童医院