猕猴桃属植物通用型SSR分子标记引物的筛选及应用

作者：胡光明; 张琼; 韩飞; 李大卫; 李作洲; 汪志; 赵婷婷; 田华; 刘小莉; 钟彩虹

来源：中国农业科学, 2022, 55(17): 3411-3425.

DOI：10.3864/j.issn.0578-1752.2022.17.012

• 猕猴桃
• SSR
• 引物
• 基因组
• 遗传多样性

【目的】基于猕猴桃全基因组数据，开发、筛选一批多态性高、通用性强的SSR引物，为猕猴桃属种质资源遗传多样性分析、品种鉴定等奠定基础。【方法】基于‘红阳’猕猴桃全基因组序列，设计并合成435对SSR引物，采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测。首先，采用遗传差异较大的5份猕猴桃种质资源对引物进行有效性筛选；其次，选择9个物种或杂交组合的16份猕猴桃种质资源开展引物复筛；最后，利用所选引物对国家猕猴桃种质资源圃内猕猴桃属51个类型共225份种质资源进行基因分型及亲缘聚类分析。【结果】从435对引物中初筛到216对有效性引物，经复筛确定分布于29条染色体上的67对引物为最终核心引物。67对引物在16份种质中共得到842个等位变异，每个位点检测到等位变异6—18个，平均等位基因数（Na）为12.57个；有效等位基因数（Ne）为3.27(A-Geo-149)—13.84(A-Geo-407)个，平均为8.18个；观测杂合度（Ho）为0.60(A-Geo-073)—0.93(A-Geo-158)，平均为0.77；期望杂合度（He）为0.72(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-101、A-Geo-158)，平均为0.85；多态性信息含量（PIC）为0.67(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-158)，平均为0.84;Shannon’s信息指数（I）为1.47(A-Geo-149)—2.73(A-Geo-101)，平均为2.22，说明引物的多态性极高，适用于猕猴桃属种质资源的亲缘关系及遗传多样性分析，225份种质资源聚类结果能明确揭示猕猴桃属植物的亲缘关系。【结论】筛选出的SSR引物稳定、可靠，多态性与通用性高，可作为核心引物用于猕猴桃属植物种质资源鉴定、指纹图谱构建、核心种质挖掘和遗传多样性分析等研究。

• 单位
  中国科学院武汉植物园; 中国科学院大学