牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析

作者：颜芳楠; 马志杰^*; 徐宇辉; 李瑞哲; 谢秀梅

来源：中国畜牧杂志, 2023, 59(06): 172-178.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20230202-02

• 牦牛
• Y染色体基因组
• 单纯型微卫星
• 频率
• 密度

微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中，其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象，利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明，在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs，总长为0.33 Mb，平均长度为25.68 bp，相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb，提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀，其中二碱基重复的SSRs最为丰富，总数为5 835个（45.95%），平均长度为27.82 bp，而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异，其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高；各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单碱基）、7～21次（二碱基）、5～10次（三碱基）、4～8次（四碱基）、4～5次（五碱基）和4～8次（六碱基）。本研究结果为深入了解牦牛Y染色体基因组重复DNA序列组成和特征特别是单纯型SSRs的丰度状况提供了参考，为后续探明牦牛Y染色体基因组结构组成和发掘牦牛Y染色体特异性SSRs标记、构建Y染色体遗传图谱等奠定了基础。

• 单位
  青海大学农牧学院; 青海大学