病原菌对抗生素的耐受对临床治疗造成严重威胁。CRISPR-Cas系统具有高度的靶标基因序列特异性与方便的可编程性,已被尝试用来控制耐药病原细菌。用噬菌体传递CRISPR-Cas系统切割耐药细菌特有靶标,可恢复其对抗生素的敏感或直接致其死亡。更吸引人的应用则是用CRISPR-Cas系统编辑噬菌体基因组,使其具备期望的抗菌性能。