龙须菜不同世代间SSH文库差显基因的信息学分析及部分序列的转录验证

作者：朱玮芳; 王莉莉; 徐涤^*; 王洁; 李凤婷; 闫昊

来源：中国海洋大学学报(自然科学版), 2019, 49(11): 56-65.

DOI：10.16441/j.cnki.hdxb.20180141

• 龙须菜
• 世代
• SSH文库
• 实时荧光定量PCR

本研究通过对5个龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)抑制性消减杂交文库(SSH文库)的1 873条差异显示序列进行聚类和生物信息学分析,共获得118个重叠群以及247条未被聚类进任何重叠群的单条序列。Blast2GO注释分析结果说明龙须菜性别和世代的遗传是由多因子参与、多细胞共同完成的复杂生命活动。选取8条差显序列进行了实时荧光定量PCR分析以验证数据的可靠性,发现尽管SSH文库具有较高的假阳性率,但对斑点杂交结果进行进一步的聚类分析和RT-qPCR验证后可以有效提高实验结果的可信度,并从中发现contig03和7310很可能真正与雌配子体世代相关。

• 单位
  中国海洋大学; 生命学院