本文对比分析了沉积岩石油钻井和结晶岩科学钻探施工技术体系的不同特点;研究了特深井孔内安全的两个基础性问题孔壁安全和轨迹安全,同时给出了沉积岩和结晶岩孔内安全问题及其应对措施。在此基础上,结合特深井地层深度方向特性变化规律,探索性地给出了特深科学井施工技术体系及其重大关键技术构想,可为科学特深井前期研究和工程实施提供指导和参考。