基于生物信息学方法筛选缺血性心肌病生物标志物的研究

作者：张开健; 胡康; 张步春^*

来源：淮海医药, 2022, 40(03): 234-239.

DOI：10.14126/j.cnki.1008-7044.2022.03.004

• 缺血性心肌病
• 生物标志物
• 生物信息学

目的:基于生物信息学方法筛选缺血性心肌病(ICM)潜在生物标志物，以期为ICM的诊疗提供依据。方法:基于NCBI网站基因表达综合数据库(GEO),利用R语言筛选健康心肌组织和ICM心肌组织差异表达基因(DEGs),对DEGs分别进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)及蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析，绘制ROC曲线验证目标靶基因。结果:基于高通量数据集GSE26887,以|LogFC|>1、校正的P<0.01(adj.P)为筛选条件得到135个上调表达基因、124个下调表达基因，GO和KEGG富集分析显示，ICM与Ras同源基因家族成员a(RHOA)的过表达、细胞外基质的变化、氧化还原酶活性、炎症反应的调节、肌肉系统进程、心脏传导系统等相关。结论:ICM与细胞外基质的变化、氧化还原酶活性等密切相关，通过筛选得到的差异明显基因及中心基因(hub gene),可能为ICM诊断、治疗提供新的靶点。

• 单位
  中国科学技术大学; 皖南医学院