碳青霉烯耐药大肠埃希菌的基因组学特点分析

作者：曹小利; 张葵; 周辉; 郑洁; 周万青; 张之烽; 沈瀚^*

来源：临床检验杂志, 2021, 39(11): 810-816.

DOI：10.13602/j.cnki.jcls.2021.11.03

• 大肠埃希菌
• 碳青霉烯耐药
• NDM-5
• IncX3
• KPC-2

目的分析碳青霉烯耐药大肠埃希菌(CREC)的基因组流行病学特征,调查共携带blaNDM和blaKPC的大肠埃希菌在南京鼓楼医院的流行情况,并分析该类细菌的播散特点。方法对2015年从南京6家医院收集的11株CREC菌株,进行全基因组测序组装后,分析耐药基因、毒力因子、多位点序列分型(MLST)、血清型和FimH型的分布并构建系统发育树。对于从南京鼓楼医院2013—2017年收集的CREC菌,使用PCR和DNA测序法筛选共携带blaNDM和blaKPC的菌株,脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)进行遗传相关性分析;接合试验分析基因的可转移性。结果所有的CREC都携带了至少1种碳青霉烯酶编码基因,其中,9株CREC细菌携带blaNDM-5,3株携带blaKPC-2,2株携带blaNDM-1,3株同时携带blaNDM-5和blaKPC-2。MLST分析发现7种不同的序列分型(ST),2株细菌为ST410,其余的6种ST型依次为ST3489、ST156、ST683、ST297、ST167和ST361;其次,11株细菌中鉴定出6种不同的血清型和8种Fim型;11株细菌的质粒图谱虽然呈多样性,但每株细菌都含有质粒复制子IncX3。系统发育分析表明,11个CREC分离株之间有很大的遗传多样性;PFGE显示6株共携带blaNDM和blaKPC的分离株之间也存在较大的遗传多样性。接合试验表明blaNDM可转移,但与blaKPC基因不在同一质粒。结论 blaNDM是CREC中主要的碳青霉烯酶基因,blaNDM-5是主要的blaNDM基因,可能通过IncX3质粒水平传播。MLST、Fim分型、血清分型和进化树发育表明CREC呈遗传多样性。

• 单位
  南京大学; 鼓楼医院