原发性抗磷脂综合征患者中性粒细胞关键基因的生物信息学分析

作者：林梅英; 甘东辉; 高颖; 王正杰; 陈志敏^*

来源：医学研究与教育, 2022, 39(01): 8-14.

• 抗磷脂综合征
• 中性粒细胞
• hub基因
• 免疫效应

目的 通过生物信息学方法筛选原发性抗磷脂综合征(antiphospholipid syndrome, APS)患者中性粒细胞中的关键差异基因，并鉴定其参与的生物功能和信号通路。方法 在GEO数据库中下载APS患者中性粒细胞的RNA测序数据，使用R语言中的limma包筛选差异表达基因，通过clusterProfiler包分别对上调和下调基因进行基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析。最后，通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络，使用Cytoscape软件计算网络中的核心基因。结果 共筛选得到512个上调基因，473个下调基因，上调基因主要参与的功能和通路包括固有免疫反应调节、中性粒细胞激活、炎症复合体形成等，下调基因主要参与的功能和通路包括T细胞激活、淋巴细胞分化、淋巴细胞激活等。IFIT1、IFI35、IFI3、CCL2、TLR8、FCGR1A是核心的上调基因。MYC、CD8A、FYN、CD28、LCK、GNB2L1是核心的下调基因。结论 通过生物信息学方法分析出的核心基因可能是APS患者中性粒细胞发挥免疫效应的关键靶点。

• 单位
  莆田学院附属医院