我国近5年类NADC30 PRRSV毒株序列的重组及限制性片段长度多态性分析

作者：王彪; 谷尚品; 侯晓璇; 王孟月; 王小娟; 谭菲菲^*; 田克恭^*

来源：中国兽医学报, 2023, 43(08): 1594-1603.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2023.08.02

• PRRSV
• 类NADC30
• 遗传演化分析
• 重组热点
• RFLP

为了解我国类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株的流行和遗传变异情况，本研究利用生物信息学软件对本实验室2016-2020年获得的64条类NADC30毒株序列进行分析。Nsp2氨基酸序列比对结果表明，64株毒株均表现出与NADC30毒株一致的131个不连续的氨基酸缺失。其中，9株在Nsp2区域除该缺失特征外，另含有额外的氨基酸缺失。基于全基因组遗传演化分析结果表明，61株分布在Sublineage 1.8(类NADC30),3株分布在Lineage 8(HP-PRRSV)。而基于ORF5序列的遗传演化分析结果则更分散，56株分布在SubLineage 1.8,5株分布在Lineage 8,2株分布在Lineage 5(类VR2332),1株分布在Sublineage 1.5(类NADC34)。经RFP4和Simplot生物学软件进行重组分析结果表明，64株毒株中可能有44株为重组毒株，共表现出5种重组模式，其中以NADC30提供骨架，HP-PRRSV提供重组片段为主要模式。重组热点分布在非结构蛋白区域5′UTR～1 500 nt(Nsp1)、5 374～8 177 nt(Nsp4～Nsp9)和结构蛋白区域12 100～13 279 nt(ORF2～ORF4)。RFLP结果表明，64条ORF5序列共存在12种RFLP模式，其中与美国高致病性变异株PRRSV RFLP1-4-4 Lineage1C相同的模式RFLP 1-4-4数量最多，共31株。综上所述，本研究为了解我国类NADC30毒株的遗传演化、重组分析和防控提供借鉴意义。

• 单位
  河南农业大学