本发明公开了一种富含异黄酮苷元的微囊化大豆肽及其制备方法;包括如下步骤:将豆粕水热处理后与异黄酮溶液混合进行酶解,灭酶离心后得到富含异黄酮的大豆肽作为芯材;将卵磷脂、阿拉伯胶、麦芽糊精作为微胶囊壁材包埋大豆肽,通过喷雾干燥制得富含异黄酮的微囊化大豆肽。本发明极大提高了异黄酮苷元的水溶性,同时改善了大豆肽的不良风味和易吸湿的特征,通过模拟体外胃肠道消化证明微囊化大豆肽可提高异黄酮苷元的生物利用率。