基于16S rDNA及ITS高通量测序分析甲真菌病病甲微生物群落的变化

作者：张芙蓉; 郭春梅; 刘新勇; 王华; 杨国玲^*

来源：中华皮肤科杂志, 2023, 56(01).

• 甲癣
• 微生物群落
• RNA, 核糖体, 16S
• 高通量核苷酸序列分析
• 内转录间隔区

目的比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本, 提取甲屑菌群总DNA, 以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区(ITS)作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序, 对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析, 采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析, 采用相似性分析(Anosim)进行β多样性分析, 采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果入组甲真菌病患者31例, 男16例, 女15例, 按年龄分青年组(18 ～ 35岁)10例, 中年组(36 ～ 60岁)11例, 老年组(大于60岁)10例。α多样性分析显示, 病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组(W = 290, P = 0.007), 而Simpson指数明显高于健康甲组(W = 663, P = 0.010), 病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组, 病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示, 基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果, 病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义(细菌菌群:R = 0.0052, P = 0.331;真菌菌群:R = 0.0036, P = 0.337);基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果, 病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义(均P = 0.001)。在物种组成上, 病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属, 而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌, 而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。结论甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异, 真菌菌群仅丰度存在一定的差异, 其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。

• 单位
  大连市友谊医院; 大连市皮肤病医院; 基础医学院; 大连医科大学附属第一医院; 大连医科大学