生信分析Top2a在胃癌中的表达和功能富集

作者：翁才明; 赵虎^*; 王瑜; 林楠; 吴伟航; 方永超; 郑师尧; 余立辉

来源：生物技术, 2023, 33(03): 312-321.

DOI：10.16519/j.cnki.1004-311x.2023.03.0047

• 胃癌
• 生物钟基因
• Top2a
• 生物信息学
• 预后

[目的]通过生物信息学分析了解Top2a在胃癌组织中的表达和功能富集。[方法] GEO数据库获取胃癌芯片，筛选生物钟基因，String数据库及Cytoscape软件绘制蛋白互作图(PPI),富集分析确定基因生物学意义，表达差异分析、ROC曲线绘制及生存分析确定最终的关键基因(hub-gene),GSEA分析挖掘hub-gene涉及通路，TISCH数据库确定基因与胃癌肿瘤微环境(TME)的关系。[结果]从GSE79973和GSE65801获取300个DEGs,其中有3个生物钟基因——Top2a、Ghrl、Nrob2。PPI图获得与3个生物钟基因存在相互作用关系的53个基因，GO联合KEGG分析发现，其功能及通路主要富集在物质吸收与分泌、细胞粘附、细胞间质成分构建等。表达差异分析、生存预后分析、临床诊断价值分析获得最终hub-gene——Top2a,GSEA富集结果发现Top2a涉及细胞增殖、基因调控、基体锚定、表观遗传调控等通路，TME相关分析发现Top2a的表达与细胞间质及粘液分泌有着密切关联。[结论]生物钟基因Top2a是胃癌的独立不良预后因素，参与包括细胞分裂过程、癌基因调控以及细胞间质转变等过程。