基于SNP标记的糯玉米指纹图谱构建和遗传多样性分析

作者：徐磊; 徐志军; 安东升; 胡小文; 高玉尧; 刘洋

来源：分子植物育种, 2021, 20(19): 6405-6414.

• 糯玉米
• 指纹图谱
• SNP标记
• 遗传多样性
• 聚类分析

为鉴定糯玉米品种的真实性，探究糯玉米品种间的亲缘关系。本研究以国内市场上推广的39份糯玉米品种为试材，利用基于靶向测序基因型检测(genotyping by target sequencing, GBTS)技术进行SNP (single nucleotide polymorphisms, SNP)标记检测，并开展DNA指纹图谱构建和NJ聚类分析。结果表明，在39份品种中获得6 397个SNP基因分型数据，根据基因型完整度和次要等位基因频率(minor allele frequency,MAF)筛选了4 767个SNP位点，平均杂合率为33.94%；缺失率平均值为0.54%;MAF值分布在0.054～0.500之间，平均值为0.260；多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)分布在0～0.375之间，PIC平均值为0.28，为中度多态性位点；39份糯玉米品种的SNP杂合率为20.62%～29.94%，平均值为26.79%，具有较高的杂合度；通过筛选PIC值大于0.37的25个SNP位点，可完全区分39个品种，鉴定率100%；基于4 767个SNP的聚类分析结果表明，39个品种被划分为5大类群。本研究结果可为糯玉米品种鉴定、自交系选育提供理论和技术支持。

• 单位
  中国热带农业科学院湛江实验站