油棕转录组SSR标记开发研究

作者：周丽霞; 肖勇; 杨耀东

来源：广东农业科学, 2014, 41(14): 136-138+143.

DOI：10.3969/j.issn.1004-874X.2014.14.030

• 油棕
• 转录组
• SSR

从NCBI网站下载40 728条油棕EST,结合文献报道的油棕果肉转录组序列信息,通过聚类拼接和处理,得到全长为32 637.947 kb的无冗余序列20 054条。在这些序列中共检索出4 538个SSR,检出率为22.6%。其中以单核苷酸重复基序为主导类型,出现频率为51.2%,二核苷酸、三核苷酸重复基序的出现频率分别为20.4%和17.9%。随机挑选了400对SSR引物进行PCR多态性检测,获得29对PCR多态性引物,并随机选取11对引物进行验证,在4种不同来源的油棕样本中表现出多态性。

• 单位
  中国热带农业科学院椰子研究所; 海南省热带油料作物生物学重点实验室