水杉叶绿体基因组同义密码子使用偏好性

作者：王茹; 罗永坚; 刘相泉; 卢新雄; 尹广鹍; 邓志军^*

来源：湖北民族大学学报(自然科学版), 2022, 40(02): 121-128.

DOI：10.13501/j.cnki.42-1908/n.2022.06.001

• 水杉
• 叶绿体基因组
• 同义密码子使用偏好性
• 碱基组成
• 自然选择
• 最优密码子

水杉(Metasequoia glyptostroboides)是杉科水杉属唯一现存的孑遗种，也是我国一级保护的濒危特有树种，对其叶绿体基因组密码子使用偏好性及其主要影响因素进行分析，有利于水杉叶绿体基因组学研究、物种保护和种质创新.从在线数据库下载完整的水杉叶绿体基因组序列.共筛选出57条蛋白编码序列.总的GC平均含量和密码子第3位碱基的GC平均含量分别为37.44%和26.79%,密码子适应指数平均值为0.61,有效密码子数平均值为46.55,表明水杉叶绿体基因组密码子使用具有较弱偏好性.ENC-plot、PR2-plot分析及中性绘图分析表明，影响水杉叶绿体基因组密码子使用偏好性的最主要因素为自然选择.高频密码子有31个，高表达密码子24个，既是高频表达又是高密度表达的最优密码子有10个.

• 单位
  中国农业科学院作物科学研究所; 湖北民族大学