区域环境司法协作是区域环境资源审判一体化发展的重要面向。而区域环境司法协作的运行机理在于对生态环境整体主义的遵循、对司法理性所蕴含的价值目标的践行以及对协同理论的运用。目前,长三角地区在区域环境司法协作方面已经进行了积极探索,但仍面临着法治实践异化、制度生态化不足、保障机制缺乏等问题。本文建议区域环境司法协作应在把握司法权属性基础上恰当处理政策与法律的互动关系,加强协作制度体系对生态环境利益的考量和保护,并通过信息、人员与考核等保障机制充分激发协作主体的内生动力和活力。