西南桦基因组调查测序

作者：马福仙; 董洪进; 原晓龙; 耿云芬; 王毅; 丁淑金; 张汉尧

来源：分子植物育种, 2023, 1-7.

• 西南桦
• 流式细胞术
• 数据约简法(K-mer)分析
• 基因组大小

西南桦(Betula alnoides)是重要的用材树种，且具有潜在的药用价值。本研究采用流式细胞术(以玉米(Zea mays)基因组为对照)和基于MGISEQ2000测序平台的基因组调查方法测定西南桦基因组大小。结果显示，流式细胞术测定的西南桦基因组大小约为1.00 Gb；高通量测序获得原始数据32.82 Gb，处理后得到约30.38 Gb的过滤数据(Clean data)，测序质量良好；数据约简法(K-monomeric unit， K-mer)分析预估西南桦是复杂基因组，为四倍体植物，基因组大小为924.00 Mb，杂合度为3.3%，GC含量约为36.14%。分析西南桦基因组的基本信息，为其后续研究物种进化、倍性水平和全基因组测序等提供科学依据。

• 单位
  西南林业大学; 黄冈师范学院; 云南省林业科学院