椰子SPL基因家族的生物信息学及其表达分析

作者：钟雅珠; 马伯军; 范海阔; 陈析丰; 弓淑芳; 刘蕊; 窦雅静; 孙熹微; 肖勇^*

来源：中国南方果树, 2021, 50(01): 38-45.

DOI：10.13938/j.issn.1007-1431.20200469

• 椰子
• SPL基因家族
• 生物信息学分析

Squamosa promoter binding protein like(SPL)基因是植物特有的转录因子,在植物生长发育过程中发挥重要的调节作用。本研究根据已释放的椰子转录组序列信息和水稻SPL基因家族的蛋白序列信息,从椰子转录组中鉴定出24个CnSPL基因,分别命名为CnSPL1～CnSPL24。Pfam分析表明,椰子24个CnSPL基因同样具有拟南芥和水稻中的SBP-box保守结构域。通过聚类分析将24个基因分成6个亚族(G1～G6)。RPKM分析表明,G5亚族的CnSPL1、CnSPL2、CnSPL3和CnSPL4基因在椰子不同组织中均处于高表达水平,而G3亚族中CnSPL5、CnSPL7、CnSPL11和CnSPL13基因在椰子不同组织中则均处于低表达水平。另外,CnSPL家族基因在胚愈伤组织中均有较高表达,说明CnSPL家族很可能参与椰子胚胎愈伤的形成与分化。

• 单位
  浙江师范大学; 中国热带农业科学院椰子研究所