串联质谱图谱从头测序算法研究进展

作者：孙汉昌; 张纪阳; 刘辉; 张伟; 徐长明; 马海滨; 朱云平; 谢红卫

来源：生物化学与生物物理进展, 2010, (12): 1278-1288.

• 肽段
• 串联质谱
• 从头测序
• 算法研究
• 计算蛋白质组学 peptide
• tandem mass spectrometry
• de novo sequencing
• algorithm development
• computational proteomics

近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势.简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状.归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点.总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向.

• 单位
  蛋白质组学国家重点实验室; 军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 北京蛋白质组研究中心; 自动化学院; 国防科学技术大学