PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株全基因组克隆与序列分析

作者：曾智勇; 张爱琼; 梁海英; 何小莉; 咸文; 陈娟; 吴好叶; 黄二素

来源：黑龙江畜牧兽医, 2019, (12): 60-66.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2019.01.0274

• PCV-3
• 基因组克隆
• 序列分析
• Cap蛋白
• PCR技术

为了获得猪圆环病毒3型(PCV-3)全基因组克隆及序列,试验采用PCR技术,应用PCV-3全基因组特异性引物,对PCV-3阳性的腹泻仔猪肠内容物进行了PCV-3基因组的扩增和克隆测序,并运用DNAStar、MEGA5等软件对该PCV-3基因组序列进行了比对分析。结果表明:扩增克隆得到1株PCV-3分离株,命名为PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株,全基因组大小为2 000 bp,其ORF2大小为645 bp,且存在多处碱基突变。与国外PCV-3毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为98. 7%～99. 0%;与国内毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性为97. 3%～99. 7%;与PCV-2毒株相比,全基因组核苷酸序列相似性仅为47. 3%～48. 3%,差异性较大。基于PCV-3基因组核苷酸序列的遗传进化分析结果表明,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株与国内PCV-3 Chongqing-147/2016株(KY075990)、Jiangxi-62/2016 (KY075989)株、Jiangxi-3/2016 (MF589106)株,与国外US/SD/2016(KX966193)株处于同一独立的进化分支,亲缘关系较近;与其他国内外PCV-3毒株则处于不同的进化分支,亲缘关系较远。根据PCV-3 Cap蛋白第24位和第27位氨基酸序列特征可知,PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。说明贵州省猪群中存在PCV-3,且分离得到的PCV-3/CN/Guizhou/ASXX/2017321株属于PCV-3c基因型。

• 单位
  贵州大学; 动物科学学院