基于GEO数据库构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络

作者：何梅; 游旭; 杨云斌; 李艳萍; 张丽芬; 卢自祥; 张云桥; 龙青; 马晓; 曾勇^*

来源：四川精神卫生, 2022, 35(02): 120-125.

• 精神分裂症
• miRNA
• mRNA
• 调控网络
• 生物信息学
• GEO

目的 构建miRNA-mRNA调控网络，为探索精神分裂症的分子遗传学发病机制研究提供新的思路。方法 于2021年7月在GEO数据库下载精神分裂症外周血miRNA(GSE54578)和死后大脑扣带回mRNA(GSE145554)微阵列数据集，利用GEO2R获取差异表达的miRNA和mRNA，筛选具有靶向mRNA的差异表达miRNA并预测其上游潜在的转录因子；然后，将差异表达miRNA所靶向mRNA与GSE145554数据集所获取的差异表达mRNA取交集基因；最后，对交集基因实施GO和KEGG通路富集分析以揭示它们的生物学功能，构建交集基因PPI网络和miRNA-mRNA调控网络。结果 GSE54578共识别出8个上调且具有靶向mRNA的差异表达miRNA，差异表达miRNA共预测出转录因子10个；GSE145554识别出247个下调的差异表达mRNA，取交集基因后筛选出17个目标mRNA;GO分析显示，目标mRNA主要参与星形胶质细胞的分化与发育等，KEGG通路富集分析显示，目标mRNA主要参与Rap1和Ras信号传导通路等，PPI网络分析显示，mRNA(KRAS和CD28)可能是精神分裂症的关键基因。结论 基于GEO数据库并整合生物信息学不仅能识别精神分裂症的潜在易感基因，并有助于构建精神分裂症miRNA-mRNA调控网络。

• 单位
  昆明医科大学第六附属医院